根据中共中央国务院《关于加强农村卫生工作的决定》（中发[2002]13号）精神，要在全国范围内建立农村合作医疗保险制度。针对目前合作医疗管理形式基本以手工操作为主，浪费大量人力物力财力，为此，利用现代化手段进行合作医疗保险管理已是势在必行。
新型农村合作医疗管理系统涉及银行、医疗服务机构、外地医疗服务机构、参保农民、集中支付中心等几个方面，该系统由费用测算与补助方案管理、日常事务管理、基金监管和系统维护管理四个子系统构成，各子系统基本功能如下：
费用测算与补助方案管理子系统：包括需求与利用的信息管理（农民患病信息，在村、乡、县及县外医疗机构门诊和住院的的就诊率）、服务费用的测算与管理（各级医疗单位的门诊费用、住院费用与住院时间、日费用、次费用、常见病种的费用及时间、总费用与基本费用）、补助方案的模拟与遴选（根据资金总量、服务水平和需求量，调整与补助有关的参数，如：起付线、止付线、封顶线、补助比例等，选取最优方案）等功能；
日常事务管理方面子系统：包括参加合作医疗管理、酬资管理、帐户管理（家庭帐户、个人帐户；县帐户、乡帐户；门诊帐户、住院帐户、大病帐户、救助帐户、风险金帐户；挂失帐户，冻结帐户，有限帐户）证卡管理、就诊管理、补助管理（起付线、止付线、封顶线、费用的分段与各段的补助比例；病种费用限制；药品服务项目与材料的限制；即用即补方式、先付后补方式）、结算核算管理（县农村合作医疗办对乡农村合作医疗办结算、县农村合作医疗办对医院结算、乡农村合作医疗办对医院结算，实报实补结算、总量控制风险分担法结算、分级包干结算）等；
基金监管子系统：包括财务监管、合理性监管（补助对象、补助范围、补助数量、支付方法 ）、公平性监管（公示的及时性、公示方法、公示形式、公示透明度 ）、安全性监管（进行安全性评估、预警、调控建议 ）等；
系统维护子系统：包括用户管理、权限管理、静态数据表维护、数据备份、数据恢复、数据的导入与导出、报表自定义、密码修改等。在静态数据表维护模块中，可以对各地区药品字典、医疗服务项目字典、医用材料字典、病种管理表、医疗机构表、行政区划表、补助规则表、人员权限表等静态数据进行维护。
提供强大的调查统计功能，根据调查统计结果对各项费用情况可进行预算；
实现对参与合作医疗的家庭和个人信息进行统一管理与维护；
实现对参合人员通过医疗证卡进行统一管理，并对其进行维护管理等功能；
对合作医疗基金缴纳、流向等情况进行监督审计，避免出现业务漏洞；
实现业务处理自动化、规范化，减轻合作医疗工作人员的劳动强度；
实现对补偿业务的自动清算，大大提高工作效率 ；
实现年度各参合家庭、单位和合管机构之间的费用结转功能；
实现管理、监控功能。
新型农村合作医疗管理系统涉及银行、医疗服务机构、外地医疗服务机构、参保农民、集中支付中心等几个方面，该系统由费用测算与补助方案管理、日常事务管理、基金监管和系统维护管理四个子系统构成，各子系统基本功能如下：
费用测算与补助方案管理子系统：包括需求与利用的信息管理（农民患病信息，在村、乡、县及县外医疗机构门诊和住院的的就诊率）、服务费用的测算与管理（各级医疗单位的门诊费用、住院费用与住院时间、日费用、次费用、常见病种的费用及时间、总费用与基本费用）、补助方案的模拟与遴选（根据资金总量、服务水平和需求量，调整与补助有关的参数，如：起付线、止付线、封顶线、补助比例等，选取最优方案）等功能；
日常事务管理方面子系统：包括参加合作医疗管理、酬资管理、帐户管理（家庭帐户、个人帐户；县帐户、乡帐户；门诊帐户、住院帐户、大病帐户、救助帐户、风险金帐户；挂失帐户，冻结帐户，有限帐户）证卡管理、就诊管理、补助管理（起付线、止付线、封顶线、费用的分段与各段的补助比例；病种费用限制；药品服务项目与材料的限制；即用即补方式、先付后补方式）、结算核算管理（县农村合作医疗办对乡农村合作医疗办结算、县农村合作医疗办对医院结算、乡农村合作医疗办对医院结算，实报实补结算、总量控制风险分担法结算、分级包干结算）等；
基金监管子系统：包括财务监管、合理性监管（补助对象、补助范围、补助数量、支付方法 ）、公平性监管（公示的及时性、公示方法、公示形式、公示透明度 ）、安全性监管（进行安全性评估、预警、调控建议 ）等；
系统维护子系统：包括用户管理、权限管理、静态数据表维护、数据备份、数据恢复、数据的导入与导出、报表自定义、密码修改等。在静态数据表维护模块中，可以对各地区药品字典、医疗服务项目字典、医用材料字典、病种管理表、医疗机构表、行政区划表、补助规则表、人员权限表等静态数据进行维护。
提供强大的调查统计功能，根据调查统计结果对各项费用情况可进行预算；
实现对参与合作医疗的家庭和个人信息进行统一管理与维护；
实现对参合人员通过医疗证卡进行统一管理，并对其进行维护管理等功能；
对合作医疗基金缴纳、流向等情况进行监督审计，避免出现业务漏洞；
实现业务处理自动化、规范化，减轻合作医疗工作人员的劳动强度；
实现对补偿业务的自动清算，大大提高工作效率 ；
实现年度各参合家庭、单位和合管机构之间的费用结转功能；
实现管理、监控功能。
系统特色
1. 测算自动化：可以根据当年的经济情况、上年的运营数据自动测算出本年度的筹资水平和补偿标准；
2. 文件电子化：可以灵活地制定各种筹资政策和补偿政策，并且可以把制定的文件通过本系统下发到下级部门；
3. 管理规范化：对各级的财政拨款严格管理，并且将数据以加密的形式传送，保证数据的真实可靠性；
4. 监督透明化：在财务核算系统和报表系统中都存在严格的数据互审功能，保证数据的一致性，提供在运营过程中为各种基金每月预警功能，可以提前了解基金的运营情况；
5. 业务全面化：可以灵活制定多种筹资渠道和补偿方式；提供灵活的统计评价以及分析决策，同时可以在多个经办机构之间进行比较分析，辅助决策；
6. 操作简单化：提供多种快捷的操作方式、灵活地选择各组组合查询、自动地补偿计算方法，适合新型农村合作医疗体系管理人员少而参保人员多，乡镇电脑配套设施及人员相对不足的实际情况；
7. C/SS的技术结构，适合新型农村合作医疗系统体系小但数据量大的情况，能提供比全B/S结构的更为复杂的报表、图表，或C/S结构由于技术原因难以提供的报表或图表；支持IC卡/磁卡输入，方便、准确、快捷，减少人工操作可能带来的失误。
